Un microtome est un appareil utilisé pour l'étude des cellules. Il permet de créer de fines tranches d'un tissu étudié après fixation (souvent) ou congélation (Allant de 2 μm à 25μm).
Le microtome sert à produire des rubans de coupes de très faible épaisseur, observables au microscope optique, à partir d'un bloc obtenu après inclusion à la paraffine de l'objet à observer (suppression de l'eau contenue) ; les coupes obtenues placées entre lame et lamelle sont colorées ensuite pour en différencier les cellules et les tissus organiques.